深圳大学医学部基础医学院是医学部下属的教学和科研主要机构,是深圳大学医学部重点学院,深圳市医学及相关学科教育的重要基地,也是医学基础理论研究的中心。基础医学院围绕培养高层次医药卫生事业人才的根本任务,以发展多层次基础医学教育、研究人类疾病机理以及防治的基础及应用理论为主要任务的教学科研中心,力争成为国家基础医学领域高级专门人才的重要培训基地之一,并形成具有专业特色的达到国际领先水平的基础及转化医学研究基地。
基础医学院下设9个二级学系:解剖与组胚学系、生理学系、生物化学与分子生物学系、细胞生物学与医学遗传学系、医学免疫学系、病原生物学系、病理学系、病理生理学系、药理学系,及1个教学实验中心(基础医学),1个临床医学本科专业.
基础医学院承担医学部各专业、各层次的基础医学课、专业基础课和专业课教学工作,现开设了学科专业核心课83门、学科专业选修课35门、全校公共选修课15门,每年承担约1.5万学时的教学任务。